A. LATAR BELAKANG
Pesantren Modern Al-Mukhlishin asuhan Ust. Amir Panatagama, S.Pd.I (alumni Gontor 1989) merupakan deretan usaha yang dikembangkan oleh Bapak Haji Muhammad Arbie ( wafat pada Rabu, 22 Juni 2005 ) di Medan, Sumatera Utara.
Dengan dasar rasa syukur kepada Allah SWT., motivasi yang tinggi, sabar dan tawakkal, dimulai dari usaha sederhana dan kecil, lalu mendirikan toko buku Maju yang dilengkapi dengan percetakan, kemudian tumbuh dan berkembang menjadi PT Maju Medan Cipta, Hotel Garuda Plaza & Garuda Citra Hotel, RSU Permata Bunda dan Klinik Spesialis Bunda, selanjutnya melangkah ke jenis usaha sosial dan merupakan amal shaleh yang terpuji mendirikan Yayasan Al-Muchlisin pada Senin, 12 Agustus 1996, Nomor 65.
Pesantren Modern Al-Mukhlishin didirikan pada tanggal, 07 Maret 1997 bertepatan pada tanggal 27 Syawal 1417 H., terdaftar pada Piagam Departemen Agama Kabupaten Deliserdang Nomor : Kd.0201/3-b/PP.00.7/16/2006, pembukaannya diresmikan oleh Menko Kesra Ir. H. Azwar Anas di atas tanah wakaf keluarga kepada Yayasan Al-Muchlisin seluas 30.000 meter, dan tahun 2000 bertambah 15.000 meter. (Arbie, 2001: 19)
Untuk pertama kalinya Haji Muhammad Arbie menunjuk Haji Alfian Arbie, SE., MBA sebagai nazir wakaf tanah tersebut sekaligus sebagai ketua yayasan hingga akhir hayatnya. Haji Alfian Arbie (wafat tahun 2001), secara bertahap membangun sarana pendidikan (gedung sekolah, asrama, rumah kyai, dan mesjid).
Tahun 2001-2005 pengelolaan Pesantren Modern Al-Mukhlishin diestafetkan kepada Ir. Doni Irfan Alfian (anak alm. Alfian Arbie selaku sekretaris Yayasan

B. VISI PESANTREN
Tumbuh dan Berkembang Menjadi Lembaga Pendidikan Islam Yang Berorientasi Pada Keseimbangan Ilmu, Iman, dan Amal (Head, Heart, and Hand)

Visi tersebut di atas dilandasi oleh kesadaran bahwa dīn al-Islām mengajarkan kewajiban menuntut ilmu, dan kewajiban hamba kepada khaliqnya adalah untuk beribadah, serta meneladani uswah hasanah pembawa risalah dīn al-Islām yang diutus untuk membawa misi akhlaq karimah dengan ketinggian ilmu yang diimbangi dengan iman dan muamalah yang baik akan membawa manusia kepada kondisi
insān al-kāmil

C. MISI PESANTREN
      Dengan berdasarkan visi di atas, maka Pesantren Modern Al-Mukhlishin   
      mengembangkan misi sebagi berikut :
     1. Menyiapkan generasi berwawasan dan berpengetahuan luas, berpikiran cerdas,    
         berdasarkan Alquran dan Hadis
     2. Membentuk individu yang bertaqwa, berkepribadian luhur, dan berjiwa mulia 
     3. Menyiapkan Sumber Daya Manusia (SDM) yang cakap, aktif, bertanggungjawab, 
         dan ikhlas beramal.

D. TUJUAN
            Pesantren Modern Al-Mukhlishin bertujuan untuk menciptakan
1.     Mu’min yang mampu menjadi munzir al-qaum (penyeru masyarakat) sejalan dengan firman Allah :

وما كان المؤمنون لينفروا كافة فلولا نفر من كل فرقة منهم طائفة ليتفقهوا فى الدين ولينذروا
قومهم اذا رجعوا اليهم لعلهم يخذرون ( التوبة (

Artinya : Dan tidak sepatutnya bagi orang-orang yang mukmin itu pergi   semuanya ke medan perang, mengapa tidak pergi dari tiap-tiap golongan diantara mereka beberapa orang untuk memperdalam pengetahuan mereka tentang agama dan untuk memberikan peringatan kepada kaumnya, supaya mereka itu dapat menjaga diri. (at-Taubah : 122)

2.     Hamba Allah yang shaleh secara individu dan sosial, sebagaimana dijelaskan dalam Alquran :
...أن الأرض يرثها عبادى الصالحون ( الأنبياء )
Artinya : …… bahwasanya bumi ini diwarisi hamba-hamba-Ku yang shaleh  
             (Al-Anbiya : 105)
3.     Generasi yang kuat dengan memberikan kemampuan dasar kepada anak didik berupa pengetahuan, ketrampilan, dan sikap terpuji
sesuai usia perkembangannya, sebagai bekal hidup dan kehidupannya, sejalan dengan  firman Allah :
وليخشى الذين لو تركوا من خلفهم ذرية ضعفا ( النساء )
Artinya : dan hendaklah takut kepada Allah, orang-orang yang seandainya  
              meninggalkan di belakang mereka anak-anak yang lemah (An-Nisa : 9)

E. UNGGULAN DAN KOMPETENSI
Pesantren Modern Al-Mukhlishin mempunyai target unggulan antara lain :
1.     Tahfidz al-Quran, Hafalan Alquran menjadi standar kenaikan kelas pada setiap level/tingkat kelasnya
2.     Bahasa Inggris dan Arab,  sebagai bahasa komunikasi dalam pembelajaran serta menggunakan metode langsung dalam pembelajaran bahasa (direct method )   
3.     Moving Class, sarana efektivitas proses pembelajaran dengan fasilitas multimedia.        
 Kompetensi yang dimiliki para lulusan Pesantren Modern Al-Mukhlishin adalah mampu mengembangkan nilai dasar keislaman dan keimanan, berbahasa Arab, Inggris secara aktif, dan  melanjutkan ke perguruan tinggi dalam dan luar negeri.

F. PROGRAM PENDIDIKAN
Dalam rangka lebih meningkatkan dan memajukan Pesantren Modern Al-Mukhlishin dan lebih mempertajam visi, misi, tujuan,  unggulan dan kompetensinya, maka sesuai dengan niat suci pendiri, Pesantren Modern Al-Mukhlishin mengasuh beberapa program pendidikan antara lain :

1.     PAUD ( Pendidikan Anak Usia Dini )
Program pendidikan anak sejak dini sebagai proses pembekalan masyarakat tentang dasar-dasar keislaman. Program ini disubsidi langsung oleh Yayasan untuk masyarakat kurang mampu.

2.     RA. ( Raudhatul Athfal)
Taman Kanak-Kanak Islam yang mengembengkan keserasian EQ, IQ, SQ. RA. Al-Mukhlishin terdaftar melalui Izin Operasional Departemen Agama No. 012121020161.

3.     MI. ( Madrasah Ibtidaiyah)
Sekolah Dasar Islam Terpadu dengan sistem Fullday School, terdaftar pada Departemen Agama dengan Nomer Statistik Madrasah : 112121010027. MI Al-Mukhlishin mengembangkan  program Regular dan Unggulan.

4.     MTs. ( Madrasah Tsanawiyah )
MTs. Swasta Pesantren Modern Al-Mukhlishin setingkat dengan SMP berdiri Tahun 2006  yang terdaftar pada Kantor Departemen Agama dengan Nomor Piagam :  Kd.02.01/5/PP.00.5/242/2006 dan Nomor Statistik : 212121020169,  merupakan mutasi dari SMP Swasta PM. Al-Mukhlishin yang berdiri sejak Tahun 1997 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI. Nomor : 951/105/KEP/1997 dan mendapat Jenjang Akreditasi DIAKUI Tahun 2001.

5.     MA ( Madrasah Aliyah )
Madrasah Aliyah Swasta Pesantren Modern Al-Mukhlishin setingkat dengan SMA berdiri Tahun 2006 yang tercatat  pada Kantor Departermen Agama Wilayah Provinsi Sumatera Utara Nomor : Kw.02/5-d/PP.03.2/2128/2006, juga merupakan mutasi dari SMA Swasta PM. Al-Mukhlishin yang  berdiri sejak Tahun 2000 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI. Nomor 102/105/KEP/2000

6.     Taman Pendidikan Al-Quran (TPA) Lembaga Pengembangan Tilawah Quran (LPTQ)
TPA-LPTQ Al-Mukhlishin terdiri dari dua kelompok, pertama untuk masyarakat sekitar Pesantren dan program khusus untuk meningkatkan pendidikan keagamaan bagi santri, berdiri Tahun 2006 dan terdaftar berdasarkan Piagam Departemen Agama Kabupaten Deliserdang Nomor : Kd.02.01/3/PP.00.6/06/2006 dengan Nomor Statistik : 012121020006.

G. SISTEM PENDIDIKAN
Sistem Pendidikan di Pesantren Modern Al-Mukhlishin menggunakan orientasi pendidikan berasrama 24 jam (boarding school) sebagai aplikasi dari santri mukim dengan menggunakan pemaduan kurikulum pemerintah dan bangunan keilmuan Pesantren Modern (integrated curriculum). Pendidikan madrasah dengan kurikulum SKB 3 menteri (fullday school) sebagai aplikasi santri kalong yang dibekali dengan pendidikan ketrampilan (life skill).